在硅藻土過濾法中，硅藻土自身具有許多天然的小孔，濾層中不規則的孔道較長，且密集分布于整個濾餅層，從而可以吸附容納較多的微細粒子，從而提高過濾的質量。
過濾是由篩分和吸附兩部分組成。在操作中，硅藻土分預涂層和過濾層吸附在濾片外的濾布上，形成不可壓縮、具有無數錯綜交叉微細孔道的濾餅層。過濾時濾液中的大雜質由于無法通過相對較小的濾孔而被截留在濾餅層外表面，稱為篩分過程。細小粒子則進入濾餅層，在彎曲錯綜的孔道中被吸附截留，稱為吸附過程。從而獲得澄清的透過料液。當濾機過濾壓力增大時，表示濾層中的部分濾孔已經被堵塞了，這時通過向濾機內加硅藻土形成新的濾層，以延續過濾。當濾餅層孔隙大部分被堵塞，過濾速率降低后，清除濾餅，預涂新的濾餅層再進行過濾。當對分為預涂層和過濾層濾餅過濾后的觀察，可以發現大部分雜質的濾除是由篩分進行的，被截留在濾孔這外，濾孔內很少被吸附的雜質。
